כיצד למצוא את ההשלמה ההפוכה של רצף DNA?
ההשלמה ההפוכה של רצף DNA מסמנת את התוכן של החוט הנגדי במולקולת DNA.
ההשלמה ההפוכה של רצף DNA מסמנת את התוכן של החוט הנגדי במולקולת DNA. מולקולות DNA בנויות ככאלה מכיוון שלכל נוקלאוטיד יש נוקלאוטיד משלים על החוט השני אליו קיים קשר לא קוולנטי.
שיטה 1 מתוך 2: ביד
- 1עקוב אחר הרצף לאחור, החל מהנוקלאוטיד האחרון ברצף.
- 2כאשר אתה עובר מעל כל נוקלאוטיד, הוסף את הנוקליאוטיד המשלים שלו לשורה הבאה, והתחל את המחרוזת המושלמת מצד שמאל של הדף. זכרו, קשרי גואנין (G) לציטוזין (C) וקשרי אדנין (A) לתימין (T).
חזרו דרך הרצף והשתמשו בחיפוש בטבלת hash כדי לבנות את הרצף המשלים.
שיטה 2 מתוך 2: באופן פרוגרמטי (פיתון 2)
- 1צור או קבל קובץ קלט. מאמר זה מניח שהקלט הוא בפורמט FASTA, עם רצף יחיד לכל קובץ. השלבים הבאים מניחים גם שכל הנוקליאוטידים הם בסיסי ATGC.
- 2קרא בתיק. לפורמט FASTA:
- מחק את השורה הראשונה בקובץ.
- הסר את כל הקווים החדשים שנותרו ואת המרחב הלבן הנגרר האחר.
def init (רצף): עם פתוח (argv [1]) כקלט: רצף = "". להצטרף ([line.strip () לשורה ב input.readlines () [1:]]) רצף החזרה
- 3צור טבלת hash הממפה כל נוקלאוטיד להשלמתו.
complement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'} - 4חזרו דרך הרצף והשתמשו בחיפוש בטבלת hash כדי לבנות את הרצף המשלים. הפוך את הווקטור שהתקבל.
def הפוך_השלמה (seq): בסיסים = [משלים [בסיס] לבסיס בסיקור] בסיסים = בסיסים הפוכים (בסיסים)
- 5הדפיס את תוכן הווקטור. =
תוצאה = הפוך_השלמה (seq) הדפס ". הצטרף (תוצאה)
- אם אתה מחשב את ההשלמה ההפוכה ביד, הקפד לבדוק שוב! זה יכול להיות קל לפספס זוג בסיסים או להשתמש במשלם הלא נכון, במיוחד אם אתה קורא רצף ארוך על הנייר.
קרא גם: איך כותבים דוח מעבדת פיזיקה?
