כיצד לדגם מולקולה באמצעות תוכנת אבוגדרו?
באמצעות אבוגדרו תוכל לבחור כל מולקולה שתדגם, ואז לתפעל אותה כדי להבין אותה טוב יותר.
כימיה היא נושא קשה להבנה. זה מחייב יישום מושגים על דברים מופשטים. זה דורש ממך לדמיין את המולקולות ואת המבנים שלהן כדי להיות מסוגל ליישם את המושגים בצורה נכונה. לפיכך, יהיה שימושי שתהיה לך תוכנית או תוכנה שיוכלו לדגם עבורך את המולקולות האלה בקלות. אבוגדרו היא תוכנית כזו. באמצעות אבוגדרו תוכל לבחור כל מולקולה שתדגם, ואז לתפעל אותה כדי להבין אותה טוב יותר.
- 1הורד את התוכנית. בעת הורדת התוכנית, פשוט עקוב אחר שיטות ההורדה הרגילות המשמשות במערכת ההפעלה של כל מחשב (Macintosh או Windows). ניתן להוריד את התוכנה מ https://sourceforge.net/projects/avogadro/files/latest/download.
- 2הפעל את התוכנית. לאחר ההורדה, לחץ ופתח את התוכנית. זה עלול לקחת דקה או שתיים לטעון, אבל אל תדאג או תתסכל ותתן לזה זמן.
- 3בחר מולקולה כימית למודל. להוראות אלה נתחיל במשהו פשוט, מולקולת פחמן דו חמצני.
- 4בחר את ההגדרות שלך. בתוכנית זו, אתה רשאי לבחור את מה שאתה רוצה לראות על המודל. לדוגמה, אם ברצונך שכל אחד מהאלמנטים יתויג במולקולה, בחר באפשרות "תווית" בתפריט השמאלי שכותרתו "סוגי תצוגה". לחלופין, אם רצית שיוצג הרגע הדיפול, בחר באפשרות "דיפול" באותו תפריט. עם זאת, ודא תמיד כי האפשרות "כדור ומקל" נבחרת תמיד כך שהאלמנטים שלך יופיעו בתוכנה.
לפיכך, יהיה שימושי שתהיה לך תוכנית או תוכנה שיוכלו לדגם עבורך את המולקולות האלה בקלות. - 5בטל את הבחירה באפשרות "התאם מימנים". האפשרות "התאם מימנים" מוסיפה מימנים לכל מולקולה שנוספה, ולכן אין צורך בהכנת מולקולת פחמן דו חמצני. כמו כן, עדיף תמיד לבטל את הבחירה באפשרות זו מכיוון שהוספת המימנים בעצמך נותנת לך שליטה רבה יותר על המיקום והסדר שלהם במולקולה לעומת התוכנה שמוסיפה אותו כברירת מחדל.
- 6בחלק האלמנטים, לחץ על התפריט הנפתח ובחר פחמן. תפריט נפתח זה הוא זה שנשתמש בו כדי להוסיף את האלמנטים הדרושים לנו לאורך כל התהליך. לאחר שבחרת פחמן, לחץ במקום כלשהו באזור הציור השחור כדי שהאלמנט יופיע.
- 7חזור על השלב האחרון, אך בחר חמצן מהתפריט. לאחר מכן לחץ על אזור הציור השחור וגרור לכיוון הפחמן עד ששני האלמנטים מחוברים ויש להם קשר המחבר ביניהם. חזור על שלב זה עבור אטום החמצן השני.
- 8שנה "צו איגרות חוב". למולקולת CO2 יש קשר כפול, וכדי לשנות את הקשרים, פשוט לחץ על התפריט הנפתח Order Order ובחר "כפול". ואז פשוט לחץ וגרור בין האלמנטים שביניהם הקשר הכפול. במקרה של CO2, לחץ וגרור מהחמצן לפחמן והקשרים יתחלפו מכפול לכפול.
- 9בתפריט ההרחבות בחר אופטימיזציה של הגיאומטריה. מאפיינים אלה מתאימים את המולקולה שלך לצורה המולקולרית הטובה ביותר בהתבסס על תכונות כימיות של המודל שלך על פי תורת VSEPR. לאחר שתבחר בתכונה זו, המודל יקבל את המבנה הכימי המועדף והסטנדרטי, שהוא קווי.
- 10בתפריט התצוגה, מצא את המאפיינים של המולקולה. לצפייה במידע חשוב על המולקולה, מהתפריט הנפתח "תצוגה" בחר "מאפיינים" ואז בחר "מאפייני מולקולה..." זה ייתן לך משקל של המולקולה, רגע הדיפול ומידע חשוב אחר שהיית רוצה אחרת צריך לחשב כדי למצוא.
האפשרות "התאם מימנים" מוסיפה מימנים לכל מולקולה שנוספה, ולכן אין צורך בהכנת מולקולת פחמן דו חמצני. - 11בתפריט התצוגה, מצא את מאפייני הזווית. אפשרות זו תועיל יותר עם מולקולות מסובכות יותר בהן מעורבים יותר אלמנטים. מאותו תפריט כמו שלב 10, בחרו "מאפיינים" ואז בחרו "מאפייני זווית" שייתן לכם את כל הזוויות במעלות וייתן לכם את קודקוד. עם זאת, זה יהיה מדויק רק אם וודאת שביצעת אופטימיזציה של הגיאומטריה לאחר סיום בניית המולקולה.
- 12זהו זה! בנית עכשיו מולקולה מאוד פשוטה. עם זאת, בתוכנה זו שיעורי בית בכימיה יהיו קלים כשיש לך את כל המידע שאתה צריך. הדבר החשוב ביותר שיש לזכור הוא לוודא שהגיאומטריה של המודל שלך מותאמת כדי להבטיח שכל המאפיינים יהיו מדויקים. ככל שמתקדמים יותר, תוכלו לתפעל את המולקולות כדי להוסיף כוחות, לקיים רגעים דיפוליים, למצוא את האינטראקציות של ואן דר וואל ותהליכים כימיים מגניבים אחרים.
- אם אתה משתמש במחשב או מחשב נייד של אפל, שנה את ההעדפות כדי לאפשר לך לפתוח את התוכנית מכיוון שהיא ממפתח "לא מזוהה". אל דאגה, תוכנית זו בטוחה וברגע שתסיים להשתמש בתוכנית תוכל לשנות את ההגדרות בחזרה.
- לשם כך, עבור אל העדפות מערכת → אבטחה ופרטיות → כללי → לחץ על סמל הנעילה בפינה השמאלית התחתונה → הזן את הסיסמה שלך → אפשר לאפליקציות שפותחו מ: (החלק התחתון) → בחר באפשרות השלישית "בכל מקום" → שמור את שנה על ידי לחיצה על סמל הנעילה שוב. כעת, כשתשיק את התוכנית, היא תיפתח.
- מחשב או מחשב נייד
- אינטרנט או wifi
- מולקולה למודל
קרא גם: איך מכינים טירה לדוגמא?
